وقال زيدان في لقاء له مع برنامج "الحياة اليوم" على إحدى الفضائيات المصرية: "ينبغي أن نُعمل العقل مثلما قال ابن خلدون،.

يوسف زيدان هو أول روائي مسلم، يكتب عن اللاهوت المسيحي بشكل روائي عميق، ضمن رواية "عزازيل" وهو أول مسلم، يُحاول أن يعطي حلولا لمشكلات كنسية كُبرى.

وكان تسجيل صوتي مسرب ليوسف زيدان عام 2014 تحدث فيه عن عدم وجود للمسجد الأقصى في فلسطين، قائلا أن القدس من حق اليهود.