Lors de l'infection, l'agent pathogène, virus, bactérie ou parasite, se multiplie dans l'organisme, infecte différents tissus et cellules pendant des périodes parfois longues, et il présente au système immunitaire la totalité de ses antigènes.

Bien que tous ces antigènes ne soient pas identifiés par les cellules immunitaires avec la même efficacité, la réponse qui se développe est globale et aboutit généralement à l'élimination de toute trace de l'agent infectieux lors de la guérison.

Les vaccins sont conçus pour ne pas provoquer de maladie, même si certains d'entre eux sont responsables d'une infection silencieuse qui permet l'exposition des antigènes vaccinants.

Très souvent, quelle que soit la stratégie retenue, le vaccin ne comportera qu'une partie des antigènes exprimés par un agent infectieux. Lors de la conception, ces antigènes sont choisis comme les plus importants pour l'élimination de l'agent : ce sont ainsi le plus souvent des antigènes présents à la surface du microbe, directement accessibles aux anticorps qui circuleront dans l'organisme pendant des années après la vaccination.

On prend soin également, lorsqu'on les a identifiés, d'éliminer du vaccin les antigènes qui pourraient devenir la cible d'une réponse immunitaire délétère, comme par exemple ceux qui ont une similitude avec des composants de l'organisme à protéger, qui pourraient déclencher des réactions d'auto-immunité.

Des critères de complexité de production et de contrôle de qualité et de coût interviennent enfin pour orienter vers des vaccins à la composition la plus simple possible.

Un étude publiée par des chercheurs allemands et guinéens sur l'efficacité comparée de l'immunité anti-virus Ebola chez des malades guéris et chez des vaccinés illustre ces différences.

L'étude ne s'intéresse qu'à certaines composantes de l'immunité, elle ne l'évalue pas dans sa globalité.

Elle concerne par ailleurs l'infection à virus Ebola, et le constat effectué ne peut être extrapolé à d'autres infections.

Chacune présente des caractéristiques propres et il en est de même des vaccins correspondants.

On sait en produire qui procurent une immunité plus efficace et plus durable que l'infection naturelle, qui est peu immunisante ; c'est le cas par exemple du tétanos, de la diphtérie, de l'hépatite B et des infections par les papillomavirus.

La mise au point de tout vaccin se présente ainsi comme un challenge unique, une réalité qui s'impose à toutes les étapes de leur conception et de leur validation et évidemment dans le cas de la covid 19.